西安电子科技大学深圳研究院在学科建设方面取得了显著成就，其架构包括八个主要学科部:

计算机科学与技术学科部，专注于前沿技术研发和创新。

电子与信息工程学科部，致力于通信、电子等领域的研究和实践。

材料科学与工程学科部，聚焦新型材料的开发与应用研究。

机械工程与自动化学科部，着力于机械设计与智能系统的研究与开发。

自动控制与机电工程学科部，专攻自动化控制和机械制造技术。

城市与土木工程学科部，关注城市规划与基础设施建设的理论与实践。

经济管理学科部，探讨企业管理、经济战略等多领域问题。

基础科学学科部，支撑其他学科的基础理论研究，强化基础研究的底蕴。

研究院的各个学科部均由各自特色鲜明的研究中心和实验室组成，这些机构共同推动了学科的深入发展。同时，西安电子科技大学深圳研究院还与全球知名高校和研究机构合作，设立了多个联合实验室，以共享资源、提升科研水平，进一步增强了其在国际学术界的影响力。