在全国本科院校排名第761位，在新疆排第10名。

综合实力排名（校友会版）

昌吉学院2021在全国本科院校排名第451位，强于第465名的南昌师范学院，第465名的齐鲁师范学院，第465名的呼和浩特民族学院，第465名的四川民族学院，第465名的四川文理学院。在新疆排第10名，强于第11名的新疆政法学院，第12名的新疆理工学院，第13名的新疆科技学院。

综合实力排名（软科版）

昌吉学院2021在全国本科院校排名第571位，强于第572名的琼台师范学院，第573名的鄂尔多斯应用技术学院，第574名的黑龙江工业学院，第575名的新疆政法学院，第576名的山西能源学院。在新疆排第10名，强于第11名的新疆政法学院。