牡丹江医学院2021在全国本科院校排名第690位，强于第691名的池州学院，第692名的汉口学院，第693名的喀什大学，第694名的宁德师范学院，第695名的滇西科技师范学院。在黑龙江排第21名，强于第22名的齐齐哈尔医学院，第23名的黑河学院，第24名的黑龙江东方学院，第25名的大庆师范学院，第26名的绥化学院。

综合实力排名（校友会版）

在全国本科院校排名第560位，在黑龙江排第23名。

综合实力排名（软科版）

在全国本科院校排名第391位，在黑龙江排第13名。