西南医科大学2021在全国本科院校排名第459位，强于第460名的延安大学，第461名的淮阴师范学院，第462名的河北地质大学，第463名的盐城师范学院，第464名的上海立信会计金融学院。在四川排第19名，强于第20名的乐山师范学院，第21名的川北医学院，第22名的中国民用航空飞行学院，第23名的内江师范学院，第24名的成都医学院。

综合实力排名（校友会版）

在全国本科院校排名第395位，在四川排第16名。

综合实力排名（软科版）

在全国本科院校排名第265位，在四川排第11名。