南京工程学院2021在全国本科院校排名第279位，强于第280名的沈阳航空航天大学，第281名的内蒙古工业大学，第282名的北京建筑大学，第283名的江西理工大学，第284名的安徽农业大学。在江苏排第26名，强于第27名的苏州科技大学，第28名的徐州医科大学，第29名的南京审计大学，第30名的常熟理工学院，第31名的盐城工学院。

综合实力排名（校友会版）

南京工程学院2021在全国本科院校排名第269位，强于第271名的中国青年政治学院，第271名的郑州航空工业管理学院，第272名的天津职业技术师范大学，第272名的成都大学，第272名的中原工学院。在江苏排第22名，强于第23名的南京审计大学，第24名的盐城师范学院，第25名的淮阴师范学院，第26名的苏州科技大学，第27名的盐城工学院。

综合实力排名（软科版）

南京工程学院2021在全国本科院校排名第258位，强于第259名的北京联合大学，第260名的长春工业大学，第261名的辽宁工程技术大学，第262名的湖州师范学院，第263名的江汉大学。在江苏排第21名，强于第22名的盐城工学院，第23名的盐城师范学院，第24名的淮阴师范学院，第25名的淮阴工学院，第26名的常熟理工学院。