南京中医药大学2021在全国本科院校排名第172位，强于第173名的河南理工大学，第174名的广西师范大学，第175名的四川农业大学，第176名的江苏师范大学，第177名的长春理工大学。在江苏排第19名，强于第20名的江苏师范大学，第21名的南通大学，第22名的南京艺术学院，第23名的常州大学，第24名的江苏科技大学。

综合实力排名（校友会版）

在全国本科院校排名第155位，在江苏排第18名。

综合实力排名（软科版）

在全国本科院校排名第169位，在江苏排第22名。