南方医科大学2021在全国本科院校排名第111位，强于第112名的浙江理工大学，第113名的对外经济贸易大学，第114名的西南财经大学，第115名的广州大学，第116名的中国石油大学(北京)。在广东排第8名，强于第9名的广州大学，第10名的广东外语外贸大学，第11名的汕头大学，第12名的南方科技大学，第13名的广州中医药大学。

综合实力排名（校友会版）

在全国本科院校排名第95位，在广东排第6名。

综合实力排名（软科版）

在全国本科院校排名第77位，在广东排第5名。