1、区别：本科段是本科专业的一部分，与其基础科段有直接的衔接关系。而独立本科段是在专科层次起点基础上又独立于专科层次的自学考试专业类型，这类专业与同专业的专科没有直接的衔接的关系。

2、联系：两类专业都是专科起点专业，都可获得本科毕业证书。两者均有报考条件限制，即在申办本科毕业证时须交验国家承认学历的专科或专科以上毕业证书。

注意：本科专业基础科段课程相当于专科要求，就是说本来这个专业是没有专科的，但为了让初学者循序渐进设立了过渡到本科的课程。

自学考试对专业类型划分的简化规定:

专科、本科(基础科段和本科段)、独立本科段这种专业类型划分模式是一种标准的专业类型划分模式，好多省、直辖市、自治区的自学考试管理机构(例如：北京市、上海市、吉林省、广东省)也是按照这种专业类型划分模式进行实际工作的。但还有一部分省、直辖市、自治区的自学考试管理机构(例如：天津市、安徽省、湖北省)在实际工作中并没有完全采用这种标准的专业类型划分模式，而是将专业类型统一简化为“专”、“本”。这里的“专”即是指基础科段和专科，“本”即是指本科段和独立本科段。需要特别说明的是，不论是实行标准的专业类型划分模式还是实行简化的专业类型划分模式，在专业管理上，大多数省、直辖市、自治区的自学考试管理机构对基础课段和专科、本科段和独立本科段实行的都是相同的管理。