当前上海市内医学院的排名如下：

复旦大学上海医学院- 排名第一

上海交通大学医学院- 排名第二

上海中医药大学- 排名第三

中国人民解放军海军军医大学- 排名第四

上海健康医学院- 排名第五

请注意，排名可能会根据不同的标准和时间点有所变化，以上信息以最新发布的数据为准。