普洱农业大学的专业设置包括：

本科层次

农学（热带作物方向）

食品科学与工程

中草药栽培与鉴定

茶学

电子商务

网络工程

秘书学

土木工程

经济学

会计

国际经济与贸易

计算机网络技术

专科层次

茶艺与茶叶营销

食品检测技术

工程造价

会计

国际经济与贸易

计算机网络技术

专升本专业

电子商务

网络工程

秘书学

茶学

食品科学与工程

中草药栽培与鉴定

土木工程

经济学

会计

国际经济与贸易

计算机网络技术

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