南京工业动画制作的费用计算方式通常有以下几种：

按项目阶段计费

根据项目的不同阶段，如前期策划、中期制作、后期制作等，分别计算费用。

这种方式有助于清晰了解每个阶段的费用构成，便于企业掌握预算。

按工时计费

根据制作团队投入的工作时间计算费用。

这种方式可以体现制作团队的专业水平和经验，但需要注意避免工时浪费和效率低下。

按项目包干计费

将整个项目打包计费，一次性支付。

这种方式适合对费用预算有严格控制的企业，但需要在合同中明确约定项目的具体内容和质量要求。