南京的名牌大学包括但不限于以下几所：

南京大学：

985和211工程重点大学，全国排名前列，以文理科实力强著称。

东南大学：

985和211工程重点大学，以工科为主，涵盖多个学科领域。

南京航空航天大学：

以航空航天为特色，是国防七校之一。

南京理工大学：

以工科为主，是中国兵器工业的重要人才培养基地。

河海大学：

以水利工程、水文与水资源工程等领域领先。

南京师范大学：

211工程师范大学，华东地区知名高校。

南京农业大学：

国内农学界的四大名校之一。

中国药科大学：

在药科领域首屈一指。

南京邮电大学：

四电四邮之一，以电子信息类专业知名。

南京信息工程大学：

双一流高校，以大气科学等领域著称。

以上是根据不同时间点的发布信息整理的南京名牌大学名单，具体情况可能会有所变化，请以最新的官方信息为准