南平市的高等教育机构包括：

武夷学院- 本科，公办全日制普通本科院校，全国深化创新创业教育改革示范高校。

福建农林大学南平校区- 本科。

闽南师范大学南平校区- 本科。

南平师范高等专科学校- 专科。

南平职业技术学院- 专科。

南平市卫生学校- 专科。

福建林业职业技术学院- 专科，公办全日制高职院校。

闽北职业技术学院- 专科，公办全日制高职院校。

武夷山职业学院- 专科，民办全日制高职院校。

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