当前南通排名前三的大学如下：

南通大学

类型：综合性大学

级别：江苏省高水平大学建设高峰计划B类高校

共建：江苏省人民政府和交通运输部

特色：国家“卓越医生教育培养计划”、“卓越教师培养计划”试点高校，教育部本科教学工作水平评估优秀学校。

南通理工学院

类型：全日制普通本科高校

级别：江苏省文明校园、江苏省平安校园建设示范高校

创办：2000年，前身为紫琅职业技术学院

升格：2014年升格为本科院校

南通大学杏林学院

类型：独立学院

备注：南通大学的二级学院

以上排名根据最近的信息更新，具体排名可能会根据不同的评价体系和时间有所变化。