物质由原子构成通常有以下几种情况：

金属单质：

例如铁（Fe）、铜（Cu）、锌（Zn）、镍（Ni）、铬（Cr）、钴（Co）、铂（Pt）、金（Au）等，这些物质都是由金属原子直接构成的。

稀有气体单质：

包括氦（He）、氖（Ne）、氩（Ar）、氪（Kr）、氙（Xe）等，它们在气态时由单个原子构成。

部分非金属单质：

如硅（Si）、磷（P）、硫（S）、氯（Cl）、溴（Br）、碘（I）等，这些物质也是由原子直接构成的。

原子晶体：

如金刚石（C）、二氧化硅（SiO2）、碳化硅（SiC）、硅单质（Si）、晶体硼（B）、氮化硅（Si3N4）、氮化碳（C3N4）等，这些物质由原子通过共价键直接构成。

需要注意的是，稀有气体在液态和固态时通常由分子构成，而非所有非金属单质都是原子晶体，例如磷大多是氧化物，大多数单质是分子直接构成的。