北京中医药大学设有多个系部，主要包括但不限于以下几个：

中医学院：

包含中医学专业，分为不同的班级和方向，如岐黄国医班、卓越中医班等。

中药学院：

提供中药学、中药制药等专业。

生命科学学院：

成立于2016年，专注于生命科学领域的研究。

针灸推拿学院：

提供针灸推拿学等专业。

管理学院：

包含公共事业管理、工商管理、信息管理与信息系统、健康管理等专业。

护理学院：

提供护理学等专业。

人文学院：

前身为文法系，后更名为人文学院，包含英语（医学、中医药国际传播）、法学（医药卫生）等专业。

马克思主义学院：

专注于马克思主义学科的教学和研究。

国学院：

研究中国传统文化，特别是中医药文化。

国际学院：

包含台港澳中医学部，提供国际化教育。

继续教育学部：

提供成人教育和继续教育。

体育教学部：

负责体育教学和活动。

此外，北京中医药大学还有直属和非直属附属医院以及临床医学院，提供临床教学和医疗服务。

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