南京最好的大学包括：

南京大学

985工程

211工程

世界一流大学A类建设高校

学科评估中多个学科获得A级别评分

东南大学

985工程

211工程

世界一流大学A类建设高校

11个学科成为一流建设学科

南京农业大学

教育部直属全国重点大学

国家211工程建设高校

985平台建设高校

农林类专业全国顶尖

河海大学

双一流建设高校

南京理工大学

211工程

拥有军工背景

兵器科学与技术、化学工程与技术等领域学术水平高

南京航空航天大学

211工程

航空航天领域具有一定话语权

南京师范大学

双一流建设高校

中国药科大学

双一流建设高校

南京工业大学

双一流建设高校

南京林业大学

双一流建设高校

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