清华领军计划与自主招生的主要区别在于：

招生对象

自主招生：侧重于学科特长和创新潜质。

领军计划：更侧重综合素质，强调全面发展。

考核方式

自主招生：通常包括笔试和面试。

领军计划：除了笔试和面试，部分考生可能还会参加体测。

优惠政策

自主招生：一般提供一定分数的降分录取优惠。

领军计划：可能提供更高的降分优惠，甚至降至一本线。

考试科目

自主招生和领军计划：笔试通常包括数学、语文、英语等科目。

领军计划：理科可能包括数学、物理、化学，文科可能包括数学、语文、历史等。

录取流程

自主招生：高考成绩公布后，根据考生的高考成绩和志愿进行录取。

领军计划：部分省市如上海、浙江采用“入围—录取”方式，即高考成绩公布后，根据考生的综合成绩及专业志愿进行录取。

报考限制

领军计划：不占用限报指标，优秀的考生可以同时报考清华的自主招生和领军计划。

以上信息基于您提供的参考信息和我自身的知识整理得出。