南航的分校是南京航空航天大学，它有两个校区：

南京航空航天大学明故宫校区：

位于南京中山东路上（白下区御道街29号），靠近明代故宫遗址，主要是研究生及博士生的校区。

南京航空航天大学将军路校区：

位于南京市江宁区将军大道29号，占地面积近1900亩，分为东、西两区，距明故宫校区约12.5公里。这个校区是全日制在校生较多的校区，包括本科生、研究生和留学生，以及成人教育学生。

南航与中山大学有联合培养民航飞行员的校企合作项目，在中山大学广州校区南校园共建飞行技术专业