南京大学鼓楼校区包含的院系有：

商学院

法学院

物理学院

数学系

医学院（除基础医学部）

中美文化研究中心

海外教育学院

工程管理学院

软件学院

建筑与城市规划学院

艺术学院

现代生物研究院

这些院系主要分布在南京大学的鼓楼校区，该校区位于江苏省南京市鼓楼区汉口路22号