当前中国高校中自主设置二级学科和交叉学科的情况如下：

四川大学：

自设二级学科和交叉学科数量最多，其中交叉学科有729个。

北京大学：

自设二级学科和交叉学科总数为94个，其中交叉学科有5个。

浙江大学：

自设二级学科和交叉学科总数为74个，其中交叉学科有7个。

中南大学：

自设二级学科和交叉学科总数为70个，其中交叉学科有9个。

复旦大学 、 厦门大学、 中国人民大学、 华中科技大学、 河南大学：

这些高校的自设二级学科和交叉学科总数也超过了50个。

中山大学：

有9个学科入选交叉学科备案，数量位列全国并列第1名。

华南理工大学：

有27个学科完成交叉学科备案，其中包括软物质科学与工程等特色优势学科。

暨南大学、 南方医科大学和 华南师范大学：

这些学校的交叉学科备案数量也较为突出。

以上信息基于最近的数据更新，具体学校的交叉学科设置可能会有所变动，建议直接咨询相关高校获取最新信息