中科院在上海的研究机构包括但不限于以下这些：

1. 上海微系统与信息技术研究所

2. 上海技术物理研究所

3. 上海光学精密机械研究所

4. 上海硅酸盐研究所

5. 上海有机化学研究所

6. 上海应用物理研究所

7. 上海天文台

8. 上海生命科学研究院

9. 上海巴斯德研究所

10. 上海药物研究所

11. 上海高等研究院

这些机构涵盖了物理、化学、生物科学、天文学、医药等多个领域，并在各自的研究领域内取得了一系列的研究成果。如果您需要更详细的信息，请告诉我，我会尽力提供帮助