新疆拥有研究生院的大学包括：

新疆大学：

综合性大学，设有多个研究生院和研究生专业。

新疆医科大学：

以医学为主的综合性医科大学，设有多个研究生专业。

新疆师范大学：

重点师范类院校，设有多个研究生专业。

新疆农业大学：

重点农业院校，设有多个研究生专业。

石河子大学：

综合性大学，设有研究生院。

塔里木大学：

农林类院校，设有研究生院。

新疆财经大学：

设有研究生院。

喀什大学：

设有研究生院。

伊犁师范大学：

设有研究生院。

昌吉学院：

设有研究生院。

新疆艺术学院：

设有研究生院。

中国科学院新疆理化技术研究所：

设有研究生院。

中国科学院新疆生态与地理研究所：

设有研究生院。

中国科学院新疆天文台大学：

设有研究生院。

这些信息基于最近的数据更新，具体情况请参考各大学的官方信息