台湾大学：

成立于1928年，前身为台北帝国大学，1945年台湾光复后改名为国立台湾大学，1949年国民党政府迁往台湾后成为台湾规模最大的综合性大学。

台湾清华大学：

前身为1911年在北京设立的清华学堂，1955年在台湾新竹市设立，并与北京的清华大学合作MOOC课程、学术访问制度及双联学位课程。

台湾成功大学：

位于台湾省台南市，前身是日据时期于1931年创办的台湾总督府台南高等工业学校，在台湾有“北台大，南成大”的美誉。

国立中央大学：

其部分师资在1949年迁入台湾，并瓜分为20多所院校。

交通大学：

1958年交通大学校友在新竹建立台湾交通大学，即今天的阳明交大。

其他高校：

如河南大学的部分院系、中华大学等也分别迁往台湾或与台湾高校进行了合作。

这些高校中，有的在1949年随国民党政府迁移到台湾，有的则是后来通过合作、迁移等方式与台湾的高等教育机构建立了联系。