南京水利科学研究院的考研复试分数线如下：

2012年，南京水科院的复试分数线为351分。

2021年，南京水利科学研究院的研究生复试初试成绩基本要求中，不同专业的分数线有所不同，但具体到分数，没有给出统一分数线。

2023年和2024年的数据中没有提供具体的分数线信息。

请注意，考研分数线每年可能会有所变动，因此建议参考最新的官方发布信息或联系学院招生办公室获取最准确的分数线信息。