海军潜艇学院主要提供与海军潜艇相关的专业教育，以下是部分专业设置：

1. 电子信息工程

2. 水声工程

3. 航海技术

4. 救助与打捞工程

5. 船舶与海洋工程

6. 武器系统与工程

7. 武器发射工程

这些专业旨在培养潜艇观通部门、潜艇航海部门、水下预警探测技术与指挥等方面的军官和技术人才。