南京秦淮区拥有多所高等教育机构，其中包括但不限于以下几所知名大学：

南京艺术学院：

以艺术为特色，培养了大量优秀的艺术人才。

南京中医药大学：

专注于中医药学科，享有高声誉。

南京理工大学：

以工科为主，是“211工程”重点支持的高校之一。

此外，秦淮区还设有老年教育机构如秦淮老年大学，提供器乐、舞蹈、书法等课程。