南京的“3+4”本科学校包括：

1. 南京航空航天大学

2. 南京大学

3. 南京理工大学

4. 南京农业大学

5. 南京师范大学

6. 河海大学

7. 江南大学

8. 苏州大学

9. 南京工程学院

10. 南京晓庄学院

请注意，以上信息可能会根据政策调整有所变化，建议关注南京教育部门发布的最新信息