吉林工商学院设有多个学院，以下是部分学院列表：

财税学院

金融学院

商学院

经贸学院

旅游烹饪学院

传媒艺术学院

会计学院

外国语学院

粮食学院

工学院

生物工程学院

工商管理学院

旅游学院

继续教育学院

马克思主义学院

基础教研部

体育教研部

学校的专业设置涵盖经济学、管理学、工学、理学、文学、艺术学、农学等多个学科门类。