根据提供的信息，档案最长的大学排名如下：

武汉大学：

前身是1893年张之洞创办的自强学堂，至今已有127年历史。

河北医科大学：

前身为1894年李鸿章于天津创办的北洋医学堂，至今已有126年历史。

天津大学：

前身为1895年由盛宣怀创办的北洋大学堂，至今已有125年历史。

武汉大学在这三所大学中拥有最长的校史