根据提供的信息，2024年日本科学院大学排名如下：

东京大学：

位于榜首，是日本最负盛名的大学之一，在工程、科学、医学等领域具有卓越的声誉。

京都大学：

排名第二，是日本历史悠久且学术声誉卓著的名校，在人文学科、社会科学和自然科学领域表现杰出。

日本东北大学：

排名第三，是日本文部科学省指定的国立大学和超级国际化大学计划的A类顶尖校。

以上排名基于学术资源、师资队伍、教育质量和研究环境等因素。东京大学和京都大学均有显著的提升，分别从去年的39名和68名跃升至29名和55名。

如果您需要了解更多关于日本大学排名或其他信息，请随时告诉我