西南大学的药物分析专业在学术和就业方面存在一些差异和不足，以下是一些关键点：

学术水平

与其他药学院校相比，西南大学的药物分析专业在某些方面（如有机化学）可能较强，但整体水平可能不如南药和沈药等专业院校。

药物分析学科在科研和师资方面与国内高水平药学院校存在差距，但学校正在努力改善，通过引进人才和团队，以及争取政策及经费支持。

本科教育

本科生教育水平一般，毕业后多数从事销售工作，且存在体制不健全的问题。

不能进入医院药剂科，也不能参加执业药师考试，这限制了学生的就业选择。

就业方向

药物分析专业的毕业生主要在药品监督管理、药品生产经营企业、医药科研院所、医疗卫生机构等单位工作。

就业面较广，包括药检所、制药企业等，但就业竞争激烈。

其他选择

如果对药物分析专业有浓厚兴趣，可以考虑其他在药物分析方面表现突出的学校，如陆军军医大学、重庆医科大学或西安的空军军医大学。

综上所述，西南大学的药物分析专业有其优势和不足，选择时可以根据个人情况和职业规划进行综合考虑。