北京双一流医药大学的排名如下：

北京协和医学院

主管：国家卫生健康委员会

排名：第1位

特点：国家“双一流”建设高校，医学“双一流”建设联盟成员之一。

优势学科：基础医学、药学、临床医学、护理学、中药学、中西医结合等。

北京中医药大学

主管：教育部

排名：第2位

特点：211大学和双一流高校，中医学、中西医结合、中药学3个学科入选国家双一流学科。

优势学科：中医学、中西医结合、中药学等。

首都医科大学

主管：北京市人民政府、国家卫生健康委员会、教育部

排名：第3位

特点：北京市重点高等院校，拥有优越的地理位置和强大的校名。

优势学科：临床医学、口腔学、预防医学等。

以上排名以软科发布的最新排名信息为准。