当前南通最好的大学排名如下：

南通大学

综合办学实力排名最高，全国排名第159名。

是江苏省人民政府和交通运输部共建的综合性大学。

包含多个校区，如啬园路主校区等。

南通理工学院

经国家教育部批准建立的全日制普通本科高校。

前身为紫琅职业技术学院，2014年升格为本科院校。

南通大学杏林学院

经国家教育部批准设置的独立学院。

坐落于南通市，以南通大学启东校区作为办学校园。

以上排名根据最近的信息更新，具体排名可能会根据不同的评价标准和时间有所变化。