菏泽学院拥有多个王牌专业和热门专业，以下是一些备受推崇的专业：

化学工程与工艺：

该专业师资力量雄厚，实验设施齐全，毕业生就业前景广阔。

电气工程及其自动化：

专业课程设置合理，注重实践教学，毕业生在电力、电子等行业需求量大。

计算机科学与技术：

紧跟时代发展，课程设置丰富，适合在IT行业、科研机构等领域发展。

机械设计制造及其自动化：

培养实践能力强的毕业生，在机械制造、汽车等行业就业前景良好。

材料科学与工程：

注重基础理论与应用研究，毕业生在新材料、新能源等领域发挥重要作用。

土木工程：

以实践能力培养为核心，毕业生在建筑、交通等行业具有较高竞争力。

生物工程：

紧跟生物科技发展趋势，注重创新能力和实践能力培养，毕业生在医药、环保等行业有广阔的发展空间。

自动化：

作为省级一流本科专业建设点，自动化专业在技术和工业自动化领域具有很高的就业前景。

体育教育：

作为省级一流本科专业建设点，体育教育专业在体育教学和管理领域有稳定的需求。

生物科学：

作为省级一流本科专业建设点，生物科学专业在生物学研究和应用方面有广泛的就业渠道。

此外，菏泽学院还有如财务管理、音乐学、机械电子工程等专业也备受认可。选择专业时，建议根据个人兴趣、职业规划以及行业需求进行综合考虑。