马尾区内的大学包括：

福州大学阳光学院：

位于马尾卧龙山庄附近。

福建农林大学东方学院：

位于马尾琅歧。

福建省对外经济贸易职业技术学院：

位于马尾亭江镇。

福州工商学院：

位于马尾市永泰县葛岭镇学院路1号，是一所民办全日制普通高等学校，曾用名为“福建农林大学东方学院”。

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