南京最好的三所大学排名如下：

南京大学

排名：第1位

特点：985工程大学，211工程大学，双一流建设高校，综合实力强。

东南大学

排名：第2位

特点：985工程大学，211工程大学，双一流建设高校，综合性强。

南京航空航天大学

排名：第3位

特点：211工程大学，双一流建设高校，在航空航天领域有较高影响力。

以上排名根据最近的信息更新，具体排名可能会有所变动，请以教育部门公布的最新权威信息为准