南疆单列的学校主要包括以下几所：

1. 喀什大学

2. 和田师范专科学校

3. 阿克苏职业技术学院

4. 塔里木大学

5. 克州职业技术学院

6. 巴音郭楞职业技术学院

7. 哈密职业技术学院

8. 和田职业技术学院

9. 喀什职业技术学院

10. 阿克苏职业技术学院科尔沁分院

11. 阿克苏职业技术学院库车分院

12. 塔里木职业技术学院

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