仲恺农业工程学院设有多个二级学院，具体包括：

1. 农学院

2. 园艺园林学院

3. 轻工食品学院

4. 资源与环境学院

5. 信息工程学院

6. 经济管理学院

7. 人文学院

8. 外语学院

9. 法学院

10. 艺术与设计学院

11. 体育学院

12. 马克思主义学院

13. 继续教育学院

14. 海洋科学学院

15. 数学与统计学院

16. 物理与光电工程学院

17. 化学与生命科学学院

18. 计算机科学与技术学院

19. 电子信息工程学院

20. 机械与汽车工程学院

21. 建筑与工程学院

22. 交通运输工程学院

此外，仲恺农业工程学院还拥有博士后科研工作站1个、博士工作站1个，以及多个省部级重点实验室和省厅级科研平台