南京理工大学的王牌专业包括：

1. 机械工程及自动化

2. 化学工程与工艺

3. 电子信息工程

4. 自动化

5. 材料科学与工程

6. 测控技术与仪器

7. 工商管理

8. 安全工程

9. 武器系统与工程

10. 环境工程

11. 光电信息科学与工程

12. 计算机科学与技术

13. 软件工程

14. 信息管理与信息系统

15. 武器发射工程

16. 电子科学与技术

17. 光学工程

18. 兵器科学与技术

19. 机器人工程

20. 通信工程

这些专业被广泛认为具有高水平的教育质量和就业前景。请注意，专业名单可能会有变动，建议以学校最新公布的信息为准