南通农业职业技术学院开设的专业包括但不限于以下几个：

生物技术及应用- 该专业是省重点专业群建设专业，旨在培养能在生物技术领域从事相关工作的技能型人才。

工业分析与检测

环境监测与治理技术

环境监测与评价

应用化工技术

城市水净化技术

水环境检测与保护

商务日语

商务英语

电子商务

物流管理

会计与统计核算

营销与策划

法律文秘

旅游日语

应用日语（纺织品检验与贸易）

文秘

此外，学院还设有生物技术、园林工程、植物保护、环境监测、动漫设计、物流、自动控制检测、数控等多个实验实训室。