澳门大学设有多个学院，主要包括：

1. 工商管理学院（FBA）

2. 教育学院（FE）

3. 法学院

4. 社会科学及人文学院

5. 健康科学学院

6. 科技学院

7. 研究生院

8. 中华医药研究院

9. 英语中心

10. 持续进修中心

11. 澳门研究中心

12. 亚太经济与管理研究所

此外，澳门大学还设有荣誉学院、人文学院、社会科学学院、应用物理及材料工程研究院、协同创新研究院、微电子研究院等研究机构。