毫州共有两所大学，分别是：

亳州学院：

这是一所公办普通本科高校，由安徽省人民政府和亳州市人民政府共建，前身是亳州高等师范学校，2011年由蒙城搬迁到亳州市区。

亳州职业技术学院：

这是一所理工类全日制公办普通高等职业院校，前身是合肥工业大学亳州分校，位于安徽省亳州市，是安徽省唯一位于地级市的中医药现代化科研基地。

以上信息根据教育部公布的高校名单整理得出