南京分数较低的本科大学包括：

1. 南京中医药大学

2. 三江学院

3. 南京工业大学浦江学院

4. 南京体育学院

5. 东南大学成贤学院

6. 金陵科技学院

7. 南京航空航天大学金城学院

8. 南京传媒学院

9. 南京艺术学院

10. 南京理工大学紫金学院

这些大学在南京市内的综合排名相对较低，但提供了一定的教育资源和学科专业选择。