自动化专业研究生大学排名如下：

1. 清华大学

2. 哈尔滨工业大学

3. 上海交通大学

4. 华中科技大学

5. 北京理工大学

6. 东南大学

7. 浙江大学

8. 北京航空航天大学

9. 哈尔滨工程大学

10. 天津大学

11. 大连理工大学

12. 西安交通大学

以上排名根据不同的排行榜有所变化，但清华大学、哈尔滨工业大学、上海交通大学和华中科技大学通常在自动化专业排名中名列前茅。