书院名称在命名大学时通常有以下几个方向：

结合古籍用典

清华大学行健书院，取自“天行健，君子以自强不息”，体现清华校训。

日新书院，出自《周易》，“富有之谓大业，日新之谓盛德”。

纪念知名校友或人士

东南大学健雄书院，纪念校友吴健雄。

西安交大仲英书院，纪念唐仲英先生。

体现学校特色或教育理念

上海体育大学武术硕士学位点建设四十周年座谈会期间成立的“龙云书院”，旨在提升人才自主培养能力和质量。

结合地理位置或历史文化

宁波大学青藤书院，位于宁波市中心城区，体现古典与现代园林风格。

岳麓书院，位于湖南省长沙市岳麓山下，湖南大学校园之中，体现千年学府的传统。

体现书院性质或功能

鹅湖书院、石鼓书院、东坡书院、东林书院、东山书院、求是书院等，体现各自的书院特色。

书院名称在命名大学时，往往既承载着历史文化的传承，也反映了学校的教育理念与特色。