当前恩平市内的主要高等教育机构是北京理工大学珠海学院，这所学院原本位于珠海市，但根据最新消息，它正在迁移到恩平市，并预计将在2025年正式恢复招生工作。北京理工大学珠海学院是一所全日制普通本科高校，由北京理工大学和深圳市光大策略投资有限公司合作举办，并在2018年获评为“国际影响力独立学院”和“改革开放40年最具影响力教育品牌”。

此外，恩平市还有一所民办学校——华南师范大学附属恩平学校，这是一所高标准、高定位的民办学校，提供全日制教育。

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