南京理工大学的理科专业排名如下：

武器系统与工程专业：

国家级一流本科专业建设点，国家级特色专业，江苏省品牌专业。

应用化学专业：

全国前10位。

自动化专业：

全国前20位，2006年在全国排名第二。

通信工程专业：

全国前25位。

电气工程及其自动化专业：

全国前25位。

计算机科学与技术专业：

全国前35位。

光学工程专业：

全国第8位。

化学工程专业：

全国第10位。

控制科学、仪器科学和电子科技、力学专业：

国内前20位。

材料、机械、计算机科技专业：

国内前40位。

以上排名信息根据最近的数据更新，具体排名可能会随着时间和不同评估机构的评价有所变化。如果您需要最新的排名信息，建议访问南京理工大学的官方网站或相关教育部门发布的最新排名数据