东南大学医保报销流程如下：

住院报销

急诊住院

就近在当地医保定点医疗机构就医，费用可按规定报销。

异地实习或寒暑假期间住院

急诊住院可就近在当地就医，费用先由个人垫付。

出院后需提交病历复印件、住院发票、费用明细、出院小结等材料至校医保办，由学校统一报市医保中心审核报销。

住院费用结算

凭定点医院开具的住院证和本人市民卡至校医院医保办办理网上转诊手续。

转诊后住院医疗费用即时减免。

报销款到账后，医保办通知本人取款。

门诊报销

普通门诊

参保学生须持身份证和病历本到校医院就诊，费用在收费窗口结算，报销比例可能根据检查费和药费有所不同（例如检查费80%，药费60%），自费项目除外。

转诊治疗

需要转诊的学生，必须由校医院接诊大夫开具转诊单。

注意事项

新生在报到注册时完成参保。

报销材料通常包括医保卡、身份证、门诊病历、医疗费用发票等。

报销比例和具体流程可能会根据最新的政策有所变动，建议直接咨询校医院医保办或查看相关公告获取最新信息。

以上信息基于提供的参考信息，具体操作时应以最新的官方通知为准。