制药工程专业的毕业生有多种就业方向，主要包括但不限于以下几点：

药品研发：

参与新药研发、药物改良、临床试验等工作，为医药企业创新提供技术支持。

药品生产：

在制药企业的生产车间、工艺部门等从事药品生产线的管理、工艺优化等工作，确保药品质量和生产效率。

质量控制：

从事药品质量检测、质量管理体系建立等工作，保障药品安全有效。

药物注册与监管：

参与药品上市前的审评、监督，确保药品符合法规、安全有效，并参与制定相关法规政策和标准。

药物营销与客户服务：

负责药品的市场推广、销售管理，了解客户需求，提供药品使用指导和售后服务。

教学和科研：

在药学院校从事教学和实验室工作，或在科研院所进行药物研制。

其他领域：

包括医药、农药、科技开发、应用研究、医药产品的生产和经营管理等方面的工作。

此外，制药工程专业的毕业生也可以选择继续深造，攻读硕士、博士学位，深入研究制药领域的前沿技术和学术问题。